礼堂にあたる外陣の昭堂と、夢窓疎石と元翁本元の頂相を祀る内陣の祠堂を、両下造の相の間で接続した複雑な形態をなす。 昭堂は三手先詰組とし、二軒に扇垂木を配し、花狭間付の桟唐戸を入れるなど、禅宗様の典型的な造り。 永保寺にはもう一つ、観音堂が国宝に指定されている。
